近未来、東京。そこには「最強の武器」を求める二つの巨大組織があった。最強兵器の開発を目論む導示重工。
遺伝子操作により優秀な人間を造り出そうとするNSWF。彼らが欲するのは、最強の威力を持ち、選ばれた女（モノ）だけが手にすることが出来るという「ウィッチブレイド」と、それを自在に扱うための力。
震災から6年経った東京に、一組の親子の姿があった。天羽雅音、そして梨穂子である。

二人での暮らしを夢みて児童福祉庁の施設を抜け出してきた二人。しかし、彼女達を待っていたのは、
ウィッチブレイドを取り巻く闇の力と、過酷な運命であった......。