人智を超えた異能を持ち、太古より人類の歴史を操ってきた存在「ブレスド」の存在に勘づいたジャーナリストのルーシー。彼女は００９こと、島村ジョーをはじめとするゼロゼロナンバーサイボーグたちのもとを訪ねる。ルーシーがサイボーグたちに渡したのは、亡き父から託された謎のキューブ。ブレスドの鍵を握るそのキューブを開けたとき、突如、ブレスドの襲撃を受ける。そんな中、国連軍ガーディアンズもまた、サイボーグたちの行動を問題視し始めていた。四面楚歌の中、００９たちは安息の地を捨て再び新たな戦乱の中へと身を投じる事となる…。