5月27日（水）に「蒼穹のファフナー THE BEYOND」Blu-ray & DVD第二弾の発売が決定した。2019年11月より劇場先行上映された、第四話「力なき者」第五話「教え子」第六話「その傍らに」の3話が収録される。

Blu-ray & DVD第二弾には、本編に加えて映像特典として、昨年7月に作品の舞台モデルの一つである尾道にて開催された『「蒼穹のファフナー」シリーズ 15周年記念イベント ～in 尾道～』の模様や、今回のために撮影された喜安浩平さんと石井真さんによる尾道紀行などを収録。更に特典CDには、angelaが歌う第二弾エンディングテーマ『君を許すように』の音源が初収録されるので見逃せない。

また、発売情報と合わせてパッケージイラストも公開に。意を決して一点を見つめている様子の皆城総士、その後ろには敵対するマリス・エクセルシアが描かれた、緊迫感漂うビジュアルとなっている。公式ホームページでは法人別オリジナル特典一覧も公開されている。

「蒼穹のファフナー THE BEYOND 2」Blu-ray
発売日：2020年5月27日
品番：KIZX-407～9
価格：￥8,800＋税
仕様：DISC3枚組（BD2枚+CD1枚）／ブックレット／外箱トールケース仕様
収録内容：
◆DISC1(BD)
第四話「力なき者」,第五話「教え子」,第六話「その傍らに」
【映像特典】
第五話、第六話ノンテロップエンディング（2.0ch/3.1ch）
第二弾先行上映特報/TV用SPOT（上映前/上映中）/特報劇場用SPOT
第一巻パッケージ用15秒SPOT～一騎ver.～/～総士ver.～（発売前/発売後）
15周年記念 ダイジェストムービー
◆DISC2(BD)
【映像特典】
「蒼穹のファフナー」シリーズ 15周年記念イベント ～in 尾道～
ワルシャワ兄弟（喜安浩平＆石井真）秘密の尾道紀行
◆DISC3(CD）
「蒼穹のファフナー THE BEYOND」エンディングテーマ「君を許すように / angela」

「蒼穹のファフナー THE BEYOND 2」DVD
発売日：2020年5月27日
品番：KIZB-300～2
価格：￥8,800＋税
仕様：DISC3枚組（DVD2枚+CD1枚）／ブックレット／外箱トールケース仕様
収録内容：
◆DISC1(DVD)
第四話「力なき者」,第五話「教え子」,第六話「その傍らに」
【映像特典】
第五話、第六話ノンテロップエンディング（2.0ch/3.1ch）
第二弾先行上映特報/TV用SPOT（上映前/上映中）/特報劇場用SPOT
第一巻パッケージ用15秒SPOT～一騎ver.～/～総士ver.～（発売前/発売後）
15周年記念 ダイジェストムービー
◆DISC2(DVD)
【映像特典】
「蒼穹のファフナー」シリーズ 15周年記念イベント ～in 尾道～
ワルシャワ兄弟（喜安浩平＆石井真）秘密の尾道紀行
◆DISC3(CD）
「蒼穹のファフナー THE BEYOND」エンディングテーマ「君を許すように / angela」