1960年代の東京・さくら元町。
貧しくも幸せに暮らしていた少年・シンはたった一人の家族である母親を亡くし、不幸のどん底に。

そんなシンを救った少年・イツキ。
彼もまた、姉を亡くしていた。

ふたりの少年は、妖怪が見える少女・タエを仲間に加え、シンの守護霊・スーさん、そして猫又などの新たな妖怪たちと共に、大切な家族の魂を取り戻すため、不思議な事件に立ち向かう！

そして、彼らを待ち受ける、衝撃の事実とは…！？

これは、3人の少年少女と妖怪が織りなす友情の物語――