母と二人で暮らすシンドバッドとお猿のミミ。船乗りの父は、幼い頃に海に出たきり戻ってきていなかったが、シンドバッドは幼い頃から海の先に広がる未知の世界に憧れていた。

「絶対に僕は海の向こうへ行くんだ！」

そんなある日、木馬に乗った少女が空から現れた。少女の名はサナ。サナは伝説の魔法族の姫であり、世界中に散り散りになった仲間を探す旅をしていた。

だが、彼女は隠された魔法の秘密を狙う怪しい集団に追われていたのだ。シンドバッドはラザック船長率いるバハル号の船員アリと一緒に彼女を助けるために奮闘するも彼女は連れ去られてしまう。そんな彼の行動力を見ていたバハル号の船長ラザックは彼を海へと誘う。

喜ぶシンドバッドだったが、一方で母に別れを告げるのをためらっていた。“父さんが航海から戻らないのに僕まで海に出てしまってよいのだろうか？”言い出せないまま迎えた出発の朝。言葉で伝えなくても母はすでに船出の準備を整えてくれていた。

「母さん…僕、行ってくるよ。」

空飛ぶ絨毯、鉄の船、襲いかかる巨大な鳥たち、そして秘密の島…。
シンドバッドと魔法族の姫、二人の行く手に待ち受けるものは一体何なのか―。