2039年、火星に向かった有人探査チームは、タルシス台地のクレーター中に異文明の遺跡を発見するが、突如出現した異生命体に全滅させられてしまう。が、一方でその遺跡から発見された数々のテクノロジーにより、人類の科学水準は一気に半世紀以上の飛躍を遂げる。さらに、太陽系外縁には異生命体（タルシス台地にちなんで「タルシアン」と呼称される）の遺跡と推測されるワープポイント、通称ショートカット・アンカーが発見され、人類は恒星間航行への手段も手に入れることとなった。

その後、いずこかへ去ったタルシアン調査のために国連宇宙軍戦艦リシテア、レダ、ヒマリア、エララの４隻が建造され、2047年には1000名以上の選抜メンバーによる調査団が組織される。タルシスクレーター 新聞記事 リシテア号 教科書の写真では…

関東某県の中学に通う長峰美加子と寺尾昇は同級生。同じ部活で仲の良いふたりだが、中学3年の夏、ミカコは国連軍の選抜メンバーに選ばれたことをノボルに告げる。翌年2047年冬、ミカコは地球を後にし、ノボルは高校に進学する。

メールが届くまで１年 ミカコとノボル 戦闘 膝を抱える
地上と宇宙に離れたミカコとノボルは携帯メールで連絡をとりあうが、リシテア号が木星・エウロパ基地を経由して更に太陽系の深淵に向かうにつれて、メールの電波の往復にかかる時間は開いていく。ノボルはミカコからのメールだけを心待ちにしている自身に苛立ちつつも、日常生活を送っていく。やがてリシテア艦隊はワープを行い、ミカコとノボルの時間のズレは決定的なものへとなっていく……